长三角一体化的过程需要合作治理。一体化蕴含区域政治经济民生体系内信息的通畅流动（smooth information flow）和活动的协调一致（coordinatedactivities）。达到这种状态除了各个职能部门之间的相互调整配合，整个区域系统内输入、流程和输出的标准化，治理行为的规范化，以及信息系统的整合以外，更重要的是需要一种结构机制，比如层级式直接监督模式、跨职能工作组/委员会、以及建立有行政权力的整合部门（如长三角区域一体化办公室）。

合作治理的过程是一个充满矛盾和妥协的过程。合作治理的矛盾性体现在很多层面，比如1.合作的整体绩效常常会由于各个职能部门以及各级政府组织的自主性和权力边界的模糊性而被负面影响，2.单个部门的局部最优化也常常会影响合作系统的整体绩效，3.合作范围扩大和牵涉部门的增多会影响决策的效率并减慢合作系统对环境变化的反应速度，4.合作系统内各个子系统之间的竞争关系以及各种权力的不平衡会破坏合作的有效性。这些合作治理的内在矛盾目前在世界上（包括欧美发达国家）都没有很好的解决方法。

长三角一体化的实践，是中国以国家战略的高度提出的区域整合，这样就为解决合作治理的内在矛盾提供了一个有力的外部保障。对长三角一体化过程的追踪和观察，给公共管理学界提供了一个很好的实践和理论的平台，让我们有机会提出一些有中国特色的合作治理的解决方案，为全球治理体系的创新提出中国的治理经验。